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自閉症的成因很多，沒有一種理論可以把所有的疑問解釋清楚。
汞(水銀) 中毒: 汞是一種很毒的重金屬。Bernard等人發現自閉症的症狀與汞中毒很像，聯想到自閉症與 汞的關連。有些疫苗通常含有 Thimerosal 這種含汞的防腐劑。 安曼教派 (Amish)因避免現代文明， 打疫苗的比例很低，所以幾乎沒有自閉症。 另外在 2006 有一個 報告顯示，加州自從2002 年小孩的疫苗不用 Thimerosal 以後，自閉症的患者數量大幅下降。有人對老鼠用 Thimerosal做實驗，出現了類似自閉的症狀：腦部較大、行為範圍的縮小及減少探索環境、對特別環境出現獨特的反應、腦部結構中感情與思考的結構的不正常。
據說現在號稱無汞的疫苗仍有有些Thimerosal，而且鋁與甲醛變多了，另外其中乙二醇(glycol)的成份也有造成死亡的案例。疫苗基本上是由感染病菌的動物內臟降低病菌活性製成的，如果小孩的抵抗力較弱，是否病菌會在體內存活？英國有一名醫師 Andrew Wakefield 就有做過這樣的研究，證實 MMR 疫苗裏面的病毒與自閉症的關連，只是他最後竟然被開除了，裏面有何政治因素就不得而知了。這邊有新的統計證實 MMR 疫苗與發展遲緩的關係，揭發了之前的統計說 MMR 與發展遲緩沒有關係裏面統計資料的嚴重錯誤。 J. B. Adams於2007.6月發表統計，自閉症患者乳牙的含汞率是正常人的3倍。
慢性汞中毒症狀: 發冷、多汗、起疹子、易怒、失眠、腿痛、臉頰/手腳/鼻腫大、眼睛對光敏感、手掌/腳掌脫皮、心跳過快、血液循環不良(手腳容易冰冷)。汞對腦神經的傷害過程可以看這段影片。
根據許多人的經驗，(DPT 白喉、百日咳、破傷風)三合一疫苗是最毒的，台灣有男嬰打了之後變成植物人，其中以百日咳危害最大。還有一種是MMR(麻疹、腮腺炎、德
國麻疹)也可能造成問題。MMR疫苗的爭議可以看這邊。如果有人要去打疫苗，年齡越大越好，打完要喝足夠的水，以加速汞及鋁的排出。這邊有一篇退休的疫苗研究人員接受訪問有關疫苗內幕的文章。許多自閉症小孩很多有這個經驗，打完疫苗後脖子淋巴結腫大，這顯示出它對免疫系統的影響是很強烈的。
除了汞中毒，鉛中毒也是造成腦神經問題的原因之一，症狀有：易怒、失眠、食慾不振、頭痛、肚子痛(可能嘔吐)、便祕、血壓較高、體重減輕、肝腎損壞、貧血、智能不足、牙齦上的鉛線、亂咬東西。
還有許多已知類似自閉症的遺傳疾病及感染可以看後面的資料。另外有報導說春天出生的小孩比較容易出現智能障礙，有可能是因為懷孕初期在夏天噴灑比較多農藥。也有人說可能是冬天懷孕的人懷孕初期維他命D不夠造成的。
有人說是鏡像神經元受損造成的，這似乎只著重在自閉症人際關係的問題，由於自閉症患者普遍也有智能不足的問題，這邊就無法解釋，除非能證明鏡像神經元與智能有關，可能只能算其中一個果，不算根本原因。